Innan St. Barthélemy fick sitt namn hette ön Ouanalao. Det är delade meningar om vilka som först kom till ön. Enligt en källa var det kariber som var de första och enligt en annan källa var det européerna som kom först på 1400 talet.

Det finns många olika synsätt på vem som upptäckte St. Barthélemy. En berättelse är att Christoffer Columbus var på grannön St. Martin på mårtensafton, varifrån den ön fick sitt namn, och såg St. Barth därifrån och döpte ön efter sin bror Bartholomeo. En annan berättelse säger att det var Bartholomeo själv som döpte ön, eftersom han var guvernör på Santa Domingo var han i de trakterna. Man tror att detta hände 1496, men man vet i alla fall att namnet fanns på en karta från 1523.

Spanjorerna, som på 1600-talet var ute efter att kolonisera västindiska öar, var inte intresserade av St. Barth eftersom ön var så liten. Enligt Bengt Sjögrens bok ”Ön som Sverige sålde” var St. Barth obebodd tills fransmän och normandiska utvandrare kom till andra öar på 1620-talet. En del av dem åkte sedan vidare till St. Barth år 1648 för att mest livnära sig på att odla tobak. Men enligt andra böcker, ska det ha funnits kariber på ön innan européerna kom.

St. Barth såldes till Malteserriddarna 1651och efter fem år ödelades ön av kariber. År 1659 sändes trettio kolonister från St. Christopher till St. Barth. Man tror att det bodde ett hundratal personer på ön 1664. År 1665 tog franska Compagnie des Indes occidentales över ön. Detta övertagande blev inte lyckat och det franska ”compagniet” löstes upp 1674. Franska staten tog hand om St. Barth som för första gången förenades med Guadeloupe.

Det fanns 14 indigofabriker på St. Barth 1686. Öborna hade troligen sina egna anläggningar och odlade två ostindiska arter av ärtväxtsläktet Indigofera som gav den dyrbara indigofärgen. Fransmännen tyckte att dessa växter skulle odlas. Det var nog förklaringen till att den fanns på St. Barth och i övriga Västindien.